O proprietário da Fazenda Lagoa, Flávio Antonio de Oliveira, de origem Portuguesa, estando gravemente enfermo e correndo risco de vida, fez uma promessa diante da imagem da Virgem e Senhora da Conceição, pedindo sua proteção e caso fosse livre da morte, construiria uma capela em sua honra e daria boa área de terra para que ali se formasse um povoado. Grande devoto e fervoroso cristão que era, foi atendido em sua súplica.

Cumprindo a promessa feita, ergueu uma capela de pau-a-pique (taipa de pilão) e coberta de sapê. No dia 08 de dezembro de 1848, foi celebrada a primeira cerimônia religiosa no interior da capela (dia da celebração litúrgica de Nossa Senhora da Conceição). Data desta mesma época a fundação do povoado e a imagem da Nossa Senhora da Conceição, 80 cm, estilo colonial em madeira, que se encontra até hoje no interior do atual Santuário; data do mesmo ano o primeiro sino de bronze, com o Brasão de Armas do Império (Monarquia).

A nova Capela com a Sagrada Imagem de Nossa Senhora da Conceição, era procurada pelos fiéis devotos para fazerem suas promessas e súplicas, na esperança de alcançarem a mesma graça que havia alcançado Flávio Antonio de Oliveira.

No início as festas eram celebradas a 08 de dezembro, com novenas e rezas solenes, leilões de prendas, procissão, etc. A devoção à Virgem da Conceição era grande no Brasil Colonial e depois foi proclamada por D. Pedro I, como padroeira do Império Brasileiro. Como a fama se espalhara pela região toda, nas festas da "Capela da Conceição" começaram a ser trazidos os ex-votos como gratidão pelas graças recebidas. O lugarejo também era conhecido como "Capela do Patrimônio" ou simplesmente "Patrimônio". No ano de 1854, a 08 de Dezembro, foi proclamado pelo Santo Padre, o Papa Pio IX o "Dogma da Imaculada Conceição da Virgem Maria". Em 1865 como fluxo de romeiros aumentava, foi necessário ampliar a Capela, com duas laterais, foi coberta com telhas, assoalhado, sendo caiadas as paredes internas e externas. Após a chegada dos italianos que se deu em 1889 a 1896, a Sagrada Imagem passou a ser vista com uma coroa simples e ser chamada de Virgem Montesina.

Orientados por D. Lino Deodato R. de Carvalho (Bispo de São Paulo), a festa foi transferida de 08 de dezembro para 08 de setembro, (festa litúrgica do Nascimento de Nossa Senhora) por dois motivos: por cair dentro do tempo do Advento e por ser uma época muito chuvosa.

Este mesmo Bispo deu o título de Santuário local para a Capela da Virgem Montesina.

Com Getúlio Vargas (Presidente da República) em 1940 a festa da Padroeira do Brasil (Nossa Senhora da Aparecida) foi fixada no dia 08 de setembro, um dia depois do Dia da Pátria (Independência do Brasil).

Como as festas coincidiam, o lugar começou a ser chamado de Aparecida do Monte Alto.

Por volta de 1894 a Venerável Imagem foi roubada e trazida de volta por 500 cavaleiros armados em fins de Maio de 1894.

O atual santuário foi iniciado em 1929 (sendo que a 1ª pedra foi abençoada por D. Joaquim Mamede, Bispo de São Carlos a 07 de junho de 1925), sendo totalmente concluído em 1952.

Devido ao grande número de romeiros e graças alcançadas, foi elevado a Santuário local por D. Lino Deodato R. de Carvalho a 06 de setembro de 1893, elevado a "Curato" por D. Antonio Augusto de Assis em 1934 e posteriormente elevado a "Santuário Diocesano" por D. José Varani em 1980.

Aos 20 de outubro de 1990 a Venerável Imagem foi canonicamente coroada por D. Luiz Eugênio Perez - Bispo de Jaboticabal na presença de milhares de fiéis.

No dia 13 de maio de 1994, foi transformado em Paróquia, por D. Luiz Eugênio Perez.

Graças a intercessão da Virgem da Conceição, o Santuário de Aparecida do Monte Alto tornou-se lugar privilegiado para a manifestação da misericórdia de Deus aos mais fracos, aos humildes, aos doentes e aflitos.